Lực lượng phòng vệ bờ biển Nhật Bản tổ chức một chuyến đi trên chiếc tàu chiến mới xuất xưởng Aegis của họ, chuyến đi mà gia đình thám tử Mori, Conan và các thành viên trong Đội thám tử nhí được tham gia. Tuy nhiên, đang giữa cuộc hành trình, một thành viên của tàu bị chết và một trái bom được tìm thấy thì một âm mưu phá hoại, đe dọa Nhật Bản hết sức nghiêm trọng đã bắt đầu. Sau đó Conan khám phá ra kẻ gây án là 1 mật thám bí danh X, làm việc cho 1 quốc gia bí ẩn nào đó, và X đang có mặt trên tàu. X là ai? X liên quan tới con tàu chứa thuốc nổ như thế nào? Bóng ma X dần dần đe dọa Conan và những người bạn đồng hành. Một sự kiện kinh thiên động địa có sức chấn động toàn nước Nhật sẽ xảy ra? Và tất cả đều bắt nguồn từ tàu Aegis?